针对存储排序文件过程中合并和压缩的算法LSM-Tree

LSM-Tree全称为Log-Structured Merge-Tree，日志结构合并树，它的架构分为内存部分和有序的磁盘部分，内存部分实现高速写，有序的磁盘部分实现高效查。

LSM-Tree简介

LSM-Tree的概念出自1996年的一篇论文，它提出了针对存储排序文件过程中合并和压缩的算法。之后基于该原则的存储引擎通常被称为LSM存储引擎。

如果持久型数据库存入数据时，需要随机写入磁盘，需要寻找对应的磁盘位置，包括寻找磁道、扇区，转动磁头。转动磁头这一机械过程相对于数据写入的其他过程（CPU的计算和磁头电流改变磁盘单元格的磁场）是非常缓慢的，这是高速I/O的瓶颈所在。

LSM-Tree的思想是：借助于内存和日志文件将写入过程分为时间上不前后相连的两步，写入是只顺序写入磁盘的日志文件和内存，等系统空闲时再将内存中数据写入到磁盘。这样在处理写入请求时就省去了磁盘寻道、转动磁头的时间。

我认为可以先记住LSM-Tree的以下几个特点，再去深入了解它：

LSM-Tree架构

LSM-Tree全称为Log-Structured Merge-Tree，日志结构合并树，下文简称LSMT。LSMT的架构分为内存部分和有序的磁盘部分，内存部分实现高速写，有序的硬盘实现高效查，整体架构如下图所示。

磁盘中有一个CommitLog文件，记录着所有对数据的变更操作，类似于MySQL中的BinLog，当执行变更操作时，会首先将该操作写入到CommitLog中。数据是存放在磁盘中的一个一个的SSTable中的，每个SSTable会配有一个索引表，索引表中的key是有序的，value为每个key对应的记录中SSTable中的偏移位置；同时每个SSTable会配有一个布隆过滤器，用来初步筛选数据是否在改SSTable中。

内存中存在一个MemTable，MemTable内部维护一个高效读写的有序的数据结构，可以是红黑树、AVL树或者跳表等。写入数据时主要写入MemTable，当MemTable大小达到阈值时，会全部写入到磁盘中形成一个SSTable。当进行写操作时，只要写CommitLog，再写完MemTable就会返回写成功。

▐ LSTM的查找

LSMT的查找分为两部，首先是查找内存，不中再查硬盘，具体步骤如下所示；

1. 先查内存中的MemTable，如果命中则返回；
2. 再查硬盘，先对每个SSTable对应的布隆过滤器进行过滤，如果判定为在该SSTable中，则查询该SSTable的索引表，索引表key有序，所以是二分查找。如果找到对应的key，则根据偏移值获取数据返回；如果未找到对应的key，则对下一个SSTable重复该过程。

▐ LSTM的写入

LSMT的写入包括对数据的增加、修改和删除。针对当前写请求的操作有两步：

1. 先顺序写入磁盘的日志；
2. 讲当前写请求的数据写入内存中的M嗯额Table；
3. 回复当前写请求“写入成功”。

写请求回复之后的操作：

当MemTable到达阈值时，写入磁盘，形成一个SSTable；

当SSTable数量到达阈值时，进行合并。合并时采用归并方式，将两个有序的SSTable合并为一个，并生成一张新的有序的索引表。

• LSMT的修改操作

LSMT收到修改请求时，并不会真正去修改SSTable中的数据，而是将这个修改作为一条修改记录存上到MenTable中，当MemTable写入磁盘进行合并时，两条数据的key相同，合并时根据时间戳，新的数据将覆盖老的数据。

• LSMT的删除操作

LSMT的删除操作分为两种情况：要删除的数据在内存中，在磁盘中。

LSMT收到删除请求时，首先会查看内存中是否存在该记录，如果存在则直接删除；如果不存在则会向内存中的有序数据结构中增加一个删除记录。并不会真正去删除SSTable中的数据，当MemTable写入磁盘进行合并时，两条数据的key相同，合并时根据时间戳，执行最终的删除操作。

▐ MemTable

LSMT的memTable维护一个有序数据结构，可以是红黑树或者跳表结构，插入时按照有序结构将数据插入到对应位置，插入后安装所选用的结构的平衡要求进行有序结构调整。

写入磁盘时，将此有序结构按序吐出数据写入到硬盘中。

▐ SSTable结构

索引表在我们操作系统非常常见，像文件管理和存储中都用到了索引表。类似于我们操作系统中的索引表，SSTable也用一张存储表记录了SSTable存储的每个元素的位置。引入索引表后，当从SSTable中取数据的时候，不用把整个SSTable读进内存了，而是只需要读进非常小的索引表即可，极大减少了IO成本。同时索引的key是有序的，所以查找时二分查找方式也非常快。

▐ 布隆过滤器

为了进一步减少数据查询时的磁盘IO和提高查询速度，LSMT引入了布隆过滤器。上一小节中提到为了不把整个SSTable读入到内存中，引入了索引表，但是当SSTable数据量较大时，索引表也较大。因此引入布隆过滤器，将读入到内存的数据再减少一个数量级。

利用布隆过滤器，对所要查询的数据进行一个初步判读。每个SSTable都有个布隆过滤器，如果布隆过滤器判定为没有，则改SSTable中一定不存在改数据；如果布隆过滤器判定为有，则改数据很可能存在于该SSTable中，这是再将索引表加载进内存，进行进一步的查找确认。如果找到则返回；如果未找到，则再匹配下一个SSTable的布隆过滤器。

布隆过滤器的结构如下所示：

• 存储时

数据的key分别对多个hash函数运算，再对运算结果取模得到数值x1，x2...，再将数组中x1，x2..位置置为1。

• 查询时

key分别对多个hash函数运算，再对运算结果取模得到数值x1，x2...，再查看数组中x1，x2..位置上的数。如果不是全为1，则说明该数据一定不在该SSTable中；如果全为1，则说明该数据有极大概率在该SSTable中，即认为该数据在该SSTable中。

• 布隆过滤器判定错误的概率

如果数组长度是m，有k个hash函数。每当插入一个元素时的hash值时，数组中某位置置为1的概率是1/m，不置为1的概率是1-1/m。插入一个元素时，一个位置不置为1的概率是（1-1/m）**k。

插入n个元素后，某个位置还是0的概率为（1-1/m）**nk

查找时，某个元素不在容器中，但是它的hash值对应的数组位置都被置为1的概率为(1-(1-1/m)**nk)**k，当n较大时公式变为，又等价无穷小的极限替换公式得到

由于n和m一般是无法调节的，将k看为变量，对上述函数求导，可得到k=ln2*m/n（约为0.7m/n）时判错率最低。

▐ LSM-Tree总结

• 优点

写入快（增、删、改速度非常快），写吞吐量极大：写入时仅写入内存和顺序写入磁盘上的日志，不用关心是否写入磁盘。

• 缺点

1. 查询能力被弱化，虽然LSMT有布隆过滤器和SSTable的索引表，但是相比于B+树结构查询仍较慢。
2. 范围查找能力差。
3. 查询一个不存在的数据时会进行全表扫描，非常慢。
4. 压缩过程有时会影响正在进行的读和写的性能，因为磁盘资源有限，当磁盘进行压缩操作时，正常的数据请求有可能需要等待；

LSMT应用

目前基于LSM实现的数据库有：LevelDB，RocksDB，Hbase，Cassandra，ClinkHouse等。

▐ Google levelDB

Leveldb是由Google的工程师Jeff Dean和Sanjay Ghemawat开发的一个可持久化存储的KV数据库。leveldB在普通的LSMT架构的基础上进行了扩展，使其性能更佳，具体有以下扩展：

1. 内存中扩展了ImmuTable ，目的是防止MemTable写入磁盘时系统无法对外提供服务，引入ImmuTable后，MemTable数据满时变为ImmuTable，由新的内存区域充当MemTable，这样MemTable便可以不间断的对外提供服务了，ImmuTable在合适时机写入磁盘。
2. 对磁盘中的SSTable采用冷热数据的思想进行了分级，等级越高的SSTable数据越新，查询时从等级高的数据开始查询，level0>level1>level2... 。
3. 增加了manifest文件，manifest文件中记录了Level中SSTable的分布，单个SSTable的最大最小key，以及其他一些LevelDB需要的元数据，便于查找时进行过滤。
4. 增加current文件，manifest随着不断合并可能会有多个，current文件的作用就是记录最新的那个manifest的文件的位置。

levelDB架构图

• levelDB的压缩策略

levelDB扩展完善了LSMT的合并过程，采用多种压缩策略对不同场景下的SSTable进行合并。

三种压缩策略：

leveldb中实现了minor compaction和major compaction。其中major compaction由size compaction、manul compaction和seek compaction。

▐ HBase

HBase的整体结构如图所示，HDFS的HStore采用LSMT思想结构，分为MemStore和HFile。

MemStore位于内存中，维护一颗有序数据结构。HFile位于磁盘中，是真正存储数据的结构。当MemStore数据达到阈值时会将数据刷入到磁盘中形成一个HFile，当HFile过多时会进行合并。

• 写入过程

▐ ClinkHouse

ClinkHouse的Merge引擎也是用的LSMT的思想，其在LSMT基础上更充分的实现了索引。

• 数据写入过程

数据先写入到内存的缓存区，等到达到缓冲区的阈值时（阈值可以自己配置，默认64KB到1MB），进行数据压缩排序写入硬盘。

每次写入磁盘形成一个新的分区，分区内容包括校验文件、索引文件、偏移文件、数据文件等。通过校验文件校验该分区内数据的完整性；通过索引文件找到要查询的数据；通过偏移文件找到所查找的数据在该分区中的偏移位置（分区内划分压缩块，偏移位置一般指压缩块的便宜位置）；数据文件有多个压缩块组成，是存储数据的地方。

• 分区合并过程

ClinkHouse的分区合并即为LSMT的合并过程，每次写入后形成一个新的分区，clinkhouse会定期将partition值相同的分区进行合并。合并的时候会利用索引文件和偏移文件，按照归并思想进行数据合并，形成新的完成的分区，其中索引文件、便宜文件等都进行合并。

• Merge引擎整体架构

▐ 三者汇总比较

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