是否应该在大流行期间改变病毒命名规则？病毒学家们产生了分歧

发表于 4年以前 | 总阅读数：593 次

在透射电子显微镜下看到的冠状病毒的颗粒 | AMI Images / Science Photo Library

许多人认为，缺乏命名规范让经常需要鉴定新病毒的研究人员无所适从。当病毒的常用名与其种名相同时，也会造成混乱，如引起天花的天花病毒（Variola virus）。

国际病毒分类委员会（ICTV）是一个专门负责病毒类群命名的机构。该机构提出了[1]一个命名系统，将于10月进行表决。如果该系统被采纳，或将改变已经命名的6500多种病毒的全部命名方式。

澳大利亚悉尼大学的病毒学家Edward Holmes说：“制定一个标准化的病毒种类命名分类方案显然是好的，也是正确的，因为目前的‘系统’完全是混乱的，让我们这些经常鉴定新型病毒的人员很无奈。”不过，这项工作“与全球大流行相比，肯定不是什么‘紧急事务’”，他说。

其他研究人员认为，现在是采取行动的最佳时机。加州大学旧金山分校的病毒学家Eric Delwart说，过去15年来，得益于基因组测序技术，被鉴定出来的病毒和物种数量呈现加速增长。“我们正处在病毒发现的黄金时代，现在是开始整理海量病毒基因组的好时机。”他说。

这方面的争论是在研究人员讨论另一个命名问题时出现的：如何对全世界正在测序的数万个SARS-CoV-2（导致COVID-19的病毒）基因组进行分类？在演化上相近的同种病毒类群通常被归为同一个谱系。追踪它们非常重要，因为病毒可能会出现更具传染性或更危险的突变。ICTV只针对物种命名制定了规则，但Holmes和其他独立于ICTV的病毒学家提出了[2]一种命名SARS-CoV-2谱系的方法。

时间压力

目前，对病毒名称仅有的要求是斜体（第一个字大写）、适当的清晰度、字数尽可能少——但有些名称还是很长，如印度尼西亚番茄黄化曲叶病毒（Tomato yellow leaf curl Indonesia virus）。12月3日，ICTV执行委员会成员在《病毒学档案》（Archives of Virology）上发表了一篇论文[1]，提出了新的名称格式，其中物种名称将限制在两个字。

第一个字是属（以-virus结尾），属的定义是一组具有某些共同特征的物种。第二个字有三种选择：一是坚持使用拉丁化的术语，与命名生物体的类似规则一致，如智人（Homo sapiens）；二是限制为数字或字母，如Alphacoronavirus 1；三是使用任意字符集。也就是说，现有的名称要么将被浓缩为一个单一的、可能是拉丁化的单词，要么是一个数字或字母。

该论文是几年来公开讨论的结果，它邀请研究人员在6月30日之前提出反馈意见，然后在委员会10月举行的下次会议上作出决定。之后，该决定将报由ICTV所有成员进行表决。

不过，有几位病毒学家说，他们当时并没有注意到这篇论文，而是完全投身于抗击新冠病毒的工作中。“在一个理想的世界里，我们都会看到这些期刊的，但我们现在要读的文献多如牛毛。”密歇根大学的病毒学家、美国病毒学协会（ASV）的财务处长Katherine Spindler说。ASV是世界上最大的病毒学社区之一，在大约20个国家有3000多名成员。“分类学并不影响我的工作。只有在我写论文的时候才会想起来。”Spindler说，她是在6月30日截止日期后才得知征求意见一事。她和ASV执行委员会的其他成员于7月9日写信给ICTV委员会，表示他们的成员没有足够的时间来考虑这个问题。

澳大拉西亚病毒学协会（AVS）代表澳大利亚和新西兰的约700名成员，于7月4日向ICTV发出了一封信。“我们认为2020年，即COVID-19年，并不是进行病毒命名重大变革的合适时机。我们的成员被其他任务压得喘不过气来，许多成员还没有时间好好考虑这个问题。”信中说。

针对人们对时机的担忧，ICTV主席、英国格拉斯哥大学病毒学家Andrew Davison表示，该提案的一个版本已经在ICTV议程上待了有近两年的时间，但他希望委员会在会议上考虑所有相关的因素。“我同意，现在是非比寻常的时期。”他说。

学习拉丁语

ASV和AVS在信中还表示，他们反对强制使用拉丁语名称的想法，因为这将要求病毒学家学习拉丁语语法，而且落实起来很麻烦。这两个团体都倾向于使用任何单词作为物种名称，不过AVS的首选是维持现状，信中说。“没有必要彻底改变整个系统。”AVS主席、墨尔本伯内特研究所的病毒学家Gilda Tachedjian说。

命名一个物种时，病毒学家其实只要知道适当的拉丁语后缀就行了，马里兰州综合研究设施（Integrated Research Facility）的病毒学家、ICTV执行委员会成员Jens Kuhn说。不仅如此，拉丁语术语也将是通用的，在以英语以外的语言发表的论文中不需要翻译。

SARS-CoV-2多样性

在给众多的SARS-CoV-2谱系命名时，保持一致是非常必要的——病毒学家们对此没有什么异议。目前，这些谱系正在被贴上各种各样的临时标签。“很明显，我们最终将得到超过10万条SARS-CoV-2的完整基因组序列，这是很惊人的。最重要的是要想出一个简单、合理和被广泛采用的机制，来给它们分类。”Holmes说。

没有官方机构专门决定如何命名病毒谱系。“我们已经介入来解决这个问题。人们是否会采用是另一回事：它真的取决于使用者。”Holmes说。

他和他的同事们提出了一种动态的方法，优先命名已经引发流行病的谱系。这些谱系将根据它们最近被分离出来的时间，被贴上活跃、未被观察到或不活跃的标签；这些标签将根据这些谱系是否仍在传播而定期重新评估。7月15日的《自然-微生物学》描述了这个方法[2]，似乎已经得到了病毒学家的支持。该团队还开发了在线工具，帮助用户识别其序列属于哪个谱系。

这样的系统更便于在一开始监测具有独特致病特性的病毒谱系，阿拉巴马大学病毒学家、ICTV执行委员会成员Elliot Lefkowitz说。