来自美国马萨诸塞州剑桥数据分析公司nference的一项早期研究显示，患者肺部和胃肠系统中的细胞可以同时携带新冠病毒和普通感冒冠状病毒，这种共同感染为病毒重组创造了条件。在这个过程中，同一宿主细胞中的两种不同病毒相互作用，同时复制，产生具有来自两种不同病毒的遗传基因新副本，形成了新的病毒突变。
这项最新的研究发现12月3日首次发表在OSF Preprints网站上。研究者写道，“奥密克戎”病毒刺突蛋白上有26个氨基酸突变，包括23个替换、两个缺失和一个插入，其中一个插入突变ins214EPE在此前任何的新冠变异株当中都没有观察到。但该突变基因序列在导致普通感冒的病毒（例如HCoV-229E）中非常常见，也存在于人类基因组中。
负责这项研究的nference公司研究员Venky Soundararajan表示，相同的基因序列多次出现在一种导致人类普通感冒的HCoV-229E冠状病毒和导致艾滋病人免疫缺陷的病毒中。
单细胞测序结果还显示，新冠病毒的受体ACE2以及HCoV-229E冠状病毒的受体ANPEP在胃肠道（如肠细胞）和呼吸组织（例如呼吸道纤毛细胞）中共同表达，这也说明“奥密克戎”在同时感染两种病毒的个体中出现进化是“合理”的。
“将特定的基因片段插入可能会让奥密克戎病毒看起来更亲近于人，这将有助于它逃避人类免疫系统的攻击。”Soundararajan表示。他认为，由于这种基因序列无处不在，因此很有可能已经发生了“好几代”病毒基因的重组，这些重组导致了“奥密克戎”的出现。
研究人员还称，这可能意味着病毒更容易传播，但更倾向于引起轻微或无症状的疾病。尽管目前科学家们还无法确定“奥密克戎”是否比其他变异株更具传染性，以及是否会导致更严重的疾病，但多国发现的感染“奥密克戎”变异株的病例仍以轻症居多。
美国宾夕法尼亚大学免疫学家John Wherry教授表示：“通常来讲，当病毒积累了很多突变后，它们就会丧失一部分适应性，所以奥密克戎变异株的一些突变可能会削弱病毒的复制能力，改变刺突蛋白的一些行为。”
他认为，如果“奥密克戎”从HIV患者体内进化而来的假说成立，那么这意味着病毒正在越来越适应人，而不是“将宿主消灭”。
不过有关“奥密克戎”突变的起源还需要更多的研究来确认，另一些假说认为，“奥密克戎”可能已经在动物宿主中进化了一段时间。
nference的研究者认为，需要对病毒合并感染的个体不断进行基因组测序，并根据病毒突变关注的变异，尽早开发“变异预警系统”。
另一方面，科学家还在确认“奥密克戎”是否能在与“德尔塔”变异株的竞争中胜出。尽管“奥密克戎”已经主导了南非近期的新冠感染，但在英国、法国等欧洲国家，“德尔塔”仍然是当前构成最大威胁的变异株。
不过根据欧洲疾病预防和控制中心 （ECDC） 发布的一项最新预测，“奥密克戎”变异株很有可能在未来几个月内成为欧洲流行的变异株。“基于模型的初步数据表明，新的变异株比迄今为止占主导地位的德尔塔变异株相比，具有显著优势。”ECDC报告称，“但这仍然取决于新变异株相对于过去变异株的这种优势程度以及疫情进展的程度。”
美国斯克里普斯研究所免疫学与微生物学部门研究员苏米特·钱达（Sumit Chanda）表示：“如果奥密克戎变异株成为流行株，并且仅会导致轻症，那么这将会给疫情带来转机，意味着新冠病毒可能会成为像流感这样的季节性病毒。”
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